En noviembre del año 2002 y habiendo alcanzado una importante posición dentro de las Instituciones de Educación Superior en la región del Biobío, al obtener la autonomía y la Acreditación Institucional, la UDD decide crear la Facultad de Odontología. En diciembre del mismo año se dio inicio al proceso de matrícula para el ingreso de la primera promoción de odontólogos. El diseño curricular y el modelo educativo propuesto, consideró elementos de alta innovación, a través de la integración de materias, la incorporación del idioma inglés, la investigación aplicada, la clínica centrada en el paciente y el internado asistencial, centrado en la atención primaria, entre otros componentes. En marzo del año 2003 comenzaron oficialmente las actividades académicas de la Carrera de Odontología en la sede ubicada en Ainavillo 456.
Durante el año 2003, se creó la Dirección de Postgrados y Postítulos, donde se diseñó una clínica provisoria con 12 unidades dentales, lo que permitió la ejecución de actividades clínicas que dieron inicio al desarrollo de programas de postgrado en marzo del 2004, los cuales estaban destinados a la formación de profesionales especializados en materias necesarias para enseñar en la clínica odontológica de pregrado futura.
Durante el año 2004, se creó la Dirección de Ciencias Básicas, Metodología e Investigación, con el fin de cautelar los procesos metodológicos del currículum, administrar los diversos laboratorios que prestan servicios a las carreras de la salud y potenciar la investigación en el marco curricular de todas las carreras pertenecientes a la Facultad. Ese mismo año, comenzaron las actividades académicas de las Carreras de Kinesiología y Fonoaudiología. El año 2005 iniciaron las actividades académicas de la Carrera de Nutrición y Dietética, y se dio inicio a la construcción de la Clínica UDD (actual Clínica Ernesto Silva B.) ubicada en Barros Arana, cuya edificación e implementación demoró menos de 1 año.
La Clínica UDD se inauguró en agosto del año 2006. Las nuevas dependencias tuvieron un costo de 10 millones de dólares, transformándose en la mayor inversión en el área de la salud de la región. Posee 7.000 mts2, distribuidos en 7 pisos que incluyen diversas instalaciones tanto de atención a pacientes como para la actividad docente. Entre ellas se encuentran laboratorios de esterilización, laboratorio clínico y de computación, biblioteca, radiología y diagnóstico y pabellones de cirugía, junto con más de 100 sillones dentales.
El año 2007 se dio inicio a las actividades académicas de la Carrera de Enfermería, y en julio del año 2014 la Facultad de Odontología pasa a llamarse Facultad de Ciencias de la Salud.
Hoy, el proyecto académico de la Facultad de Ciencias de la Salud cuenta con 4 carreras: Odontología, Kinesiología, Nutrición y Dietética, y Enfermería, las que entregan una formación moderna, integrada socialmente al país y de óptima calidad a más de 1.600 alumnos de pregrado.
